Kaplıcaların hijyen konusunda standartlara uygun olması gerekmektedir. Bu aslında bütün havuzlarda, bütün dünyada ve bütün kaplıcalarda bir sorundur. Havuz ortamı, havuz suyu dezenfekte edilmesi kaplıca suyunda mineraller olduğu için uygun bir yöntem olarak kullanılamamaktadır.

Mantar sudan bulaşmaz. Kullanılan terlik, ıslak zemin ya da havlu gibi eşyalardan bulaşır. Bunlara dikkat ederek mantardan korunmak mümkündür. HIV ve sedef hastalıkları da kaplıcalardan bulaşmaz. En sık görülen risk; ciltte sivilce yapan konjektivit olabilir.

Burada şöyle bir tartışma var. Doğal olarak kaplıca suyuna dezenfektan madde eklenmesi onun doğallığını ve kimyasal özelliğini bozar mı diye. Aslında bozar. Ama burada iki farklı eğilim var. Bir grup hiçbir şekilde suya kimyasal dezenfektan katılmamasından yana. Bu grubun görüşüne göre insanları iyice dezenfekte edip havuza sokmamız gerekiyor.

Ayrıca eğer kaplıca suyunun kimyasal etkisi tedavide ön planda tutuluyorsa, o zaman da küvet dediğimiz ortamlarda, yani her hasta için yeniden doldurulan, dolayısıyla hijyenikliği garanti altına alan yöntemlerin uygulanması önerilmektedir.